Owncloudのバージョンアップがうまくできないので、最新の物をインストールしなおした。

Dataは一時退避し、Owncloudセットアップ後にDataを戻し、ターミナルを開きOwncloudのフォルダーないで以下のコマンドを実施し、ファイル情報をデータベースに反映した。

sudo -u www-data php /var/www/owncloud/occ files:scan ユーザー名